Lors d'un sommet avec le Qatar, Jason Bourne est engagé pour prendre la place d'un membre du gouvernement américain que l'on sait menacer. Soudain, des hommes armés font irruption et tuent l'ensemble des participants, sauf Bourne. Mais leur cible n'est pas le haut responsablepolitique : il s'agit de Bourne lui-même. Kidnappé et conduit dans un bunker, il se retrouve face au terroriste El Ghadan qui retient captive Soraya Moore, amie de Jason Bourne, ainsi que la fillette de celle-ci.
Pendantce temps, le président des États-Unis est sur le point de se retirer d'un accord de paix historique entre Israéliens et Palestiniens. Un retrait qu'El Ghadan prétend empêcher. Il contraint alors Bourne à menerune mission très spéciale : assassiner le président.
Jason Bourne se retrouve face à un choix impossible : sauver Soraya et sa fille, ou le Président des États-Unis.